Web一、DIAMOND安装. DIAMOND用于序列比对,速度比BLAST快不少,安装也比较方便,这里介绍两种安装方式。 Linux命令安装. 在linux服务器上,可通过如下命令安装: http://www.bio-info-trainee.com/44.html
DIAMOND的安装和简单使用 – Ayanokouji Monki的博客
WebJul 6, 2024 · DIAMOND是一种高通量比对程序,可将DNA测序reads文件与蛋白质参考序列文件(如NCBI-nr)进行比较。 它以C ++实现,旨在多核服务器上快速运行。 该程序明 … Webdiamond v0.9.19 March 16, 2024 The DIAMOND protein aligner Introduction DIAMOND is a sequence aligner for protein and translated DNA searches, designed for high performance analysis of big sequence data. The key features are: Pairwise alignment of proteins and translated DNA at 500x-20,000x speed of BLAST. Frameshift alignments for long read ... chummy tees phone number
Linux下BLAST的安装与使用 Huan
WebMar 10, 2024 · blast是常用的比对软件,在 linux 系统下安装完成blast套件后,可以使用blastn进行核酸序列的比对,基本的使用模式为确定搜索的库,然后使用blastn对指定的序列在库中进行比对,如果想要自定义搜索库,需要使用makeblastdb来创建,更多的细节可以参考 blast 官方 ... WebNov 19, 2024 · 下载 blast 库. BLAST+程序包中提供了一个脚本 update_blastdb.pl 可以方便地下载 blast 数据库 。. 首先用以下命令查看有哪些数据库可供下载:. perl update_blastdb.pl --showall. 16S_ribosomal_RNA 18S_fungal_sequences 28S_fungal_sequences Betacoronavirus ITS_RefSeq_Fungi ITS_eukaryote_sequences … WebDIAMOND的功能是将蛋白序列或者其翻译后的核苷酸和蛋白质数据库进行比对,与blast相比功能单一,但也让它的使用格外的简单。 不推荐将核苷酸序列与蛋白质数据库进行比对,因为可能有许多序列是比对到非编码序列上的,利用蛋白质数据库进行比对,将导致假 ... chummy tom southwell